W 1925 r. prezydent RP Stanisław Wojciechowski powierzył komandorowi Unrugowi stanowisko dowódcy Floty. W 1932 r. prezydent RP Ignacy Mościcki nadał mu stopień kontradmirała. Po ogłoszeniu mobilizacji 21 sierpnia 1939 r w obliczu nadchodzącej wojny Unrug przeniósł Dowództwo Floty na Hel. 24 sierpnia został mianowany dowódcą Obrony Wybrzeża, bezpośrednio podległym Naczelnemu Wodzowi.

Wiceadmirał Józef Unrug po 32 dniowej obronie Helu, w sytuacji zajęcia całego terenu Polski przez wojska niemieckie i sowieckie, po poddania się Modlina i Warszawy, podjął decyzje o kapitulacji Helu - aby jego żołnierze mogli dożyć wolności i odbudować Polskę.
Mimo iż pochodził z rodziny o niemieckich korzeniach, był do głębi serca polskim patriotą - odmówił przejścia na stronę niemiecką mimo obietnic admiralskiego stopnia w Kriegsmarine. Od kapitulacji Helu nie używał języka niemieckiego - z Niemcami rozmawiał wyłącznie przez tłumacza.
Po uwolnieniu z obozu jenieckiego został I zastępcą szefa Kierownictwa Polskiej Marynarki Wojennej na Zachodzie. 2 września 1946 r. został awansowany na wiceadmirała. W obliczu włączenia Polski do obozu państw socjalistycznych kierowanego przez Związek Radziecki - pozostał do końca życia na emigracji. Zmarł w wieku 88 lat we Francji. Jego ostatnią wolą było, aby jego szczątki spoczęły na cmentarzu marynarskim w Gdyni -wtedy, gdy Polska należycie uhonoruje jego niesprawiedliwie i haniebnie straconych oficerów - Zbigniewa Przybyszewskiego, Stanisława Mieszkowskiego i Jerzego Staniewicza. Ten warunek został spełniony - uroczysty pogrzeb państwowy tych trzech oficerów odbył się w 2017 r.